Mniejsze kołchozy miały jednak większe problemy. By móc użytkować maszyny musiały często zaciągać bardzo duże kredyty, które obciążały ich budżet na wiele lat uniemożliwiając poprawne funkcjonowanie. To sprawiało, że często wycofywano się z rozpoczętych już lub dopiero planowanych inwestycji budowlanych, nawet tych najpotrzebniejszych. Możność korzystania z mechanicznego sprzętu rolniczego była jednak najbardziej priorytetowa, bez tego dany kołchoz zupełnie by podupadł. Nie był to jednak jedyny problem związany z likwidacją MTS-ów. Ich dotychczasowi pracownicy posiadali swoje wewnętrzne paszporty, mieli więc swobodę poruszania się po kraju. Niewielu z nich chciało wstępować do kołchozów, bo to równało się mniejszym płacom oraz degradacji w hierarchii społecznej. Dlatego wielu wykwalifikowanych pracowników MTS-ów zaczęło przenosić się do miast, gdzie szukali lepszej pracy niż oferował kołchoz.